「未実行」になった後にjwc_temp.txtに書き込めない件と、jwc_temp.txtがUTF-8の時に外部変形が「未実行」になるのは別の話かと思います。
従来の外部変形を使う際にはjwc_temp.txtをShiftJISで出力すれば問題ないですし、大半の半角英数字データはUTF-8で書き出されても何となく処理できます。ただレイヤ名や文字列データ等に全角文字が含まれてくると、ShiftJISとして処理していると文字化けします。また前述のとおり「hq」を読み取れないかもしれません。
外部変形を制作・改修するにあたり、jwc_temp.txtがUTF-8でやってくる事を見越して対応するべきか、ユーザ側でjwc_temp.txtをShiftJISで書き出すように徹底してもらうか、色々あるかと思います。文字列を扱う外部変形がUnicode文字対応してくれると嬉しいので、jwc_temp.txtはUTF-8でも出力できてほしいです。
原則的にはjwc_temp.txtはShiftJISで出力され、外部変形バッチファイル内に「REM #utf8」的なオプションがある時だけUTF-8で出力する……みたいな方向はどうでしょうか、御一考願います。