jw_cadがbatファイルのエンコードを自動判定して、一覧画面では[S-JIS]あるいは[UTF-8]が表示されていると思いますが、これは正しく判定されていますか?
もし[S-JIS]で文字化けしているのなら、書き出されるjwc_temp.txtもShiftJISとなります。
もしUTF-8で保存したのであれば、WindowsコマンドプロンプトがUTF-8のbatファイルを実行するために chcp 65001 の記述が必要です。これはjw_cadの挙動とは別の話です。
BOM付き(ファイル先頭に EF BB BF の3バイトを付加)であればまず間違いなくUTF-8エンコードであると認識されますが、batファイルとして実行すると1行目に変なエラーが出るので先頭を空行にしておくと巻き込まれません。
UTF-8と認識された時はjwc_temp.txtの先頭にもこの3バイトがついてきますので、外部変形プログラムのほうでもそれを意識して処理する必要が生じます。具体的には、先頭の「hq」行に対して雑な認識をしていると取りこぼして失敗します。しました。
メモ帳でエンコードを確認する場合、ASCII文字だけのファイルの時は単に「UTF-8」と表示されます。jwc_temp.txtに少しでも全角文字が含まれていてShiftJISと判定されれば「ANSI」と出るかと思いますが、どちらともつかない場合は標準で「UTF-8」とするのが現在のnotepadの仕様です。
思いつくのはこれくらいです。